Actualmente existen dos reservas naturales en la isla de Flores; la de Wae Wuul en la costa oeste y la de Wolo Tado en la costa norte.
La población en la isla de Flores es menos conocida, en Wae Wuul en 1991 se estimó una población de 66 individuos. Su densidad es hasta cuatro veces inferior que en las otras islas en las que vive la especie, y las amenazas han aumentado en los últimos años a causa de la caza ilegal del ciervo de Timor, la fuente de alimento principal del dragón de Komodo.
Desde hace ya 8 años se encuentra un programa de protección de la reserva de Wae Wuul, donde el principal participante es EAZA (european association of zoos and aquaria). El programa contempla la realización de actividades para crear conciencia a la comunidad indígena y la creación de patrullas y servicios que refuercen la aplicación de las leyes de protección locales.
También se creo un plan de protección con la meta de preservar las dos poblaciones del dragón de Komodo que quedan en la reserva de Wae Wuul y evitar que aumente la destrucción de su hábitat
hacia la región sur occidental de la isla de Flores, donde se explotan los recursos como la tala de arboles y la minería.
Con esto se piensa erradicar el peligro de que el dragón de Komodo de encuentre amenazado. Desde que estos proyectos se pusieron en marcha la especie ha mejorado sus números y ha estado en mejor vigilancia.
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